Bij een automatische installatie is het belangrijk dat de brandstof (houtsnippers of pellets) veilig en betrouwbaar naar de ketel worden getransporteerd. Een aandachtspunt bij houtsnippers is hoe men de snippers in de bunker krijgt. De meeste agrariërs en bedrijven hebben de beschikking over een voorlader, shovel of heftruck met schepbak. Hiermee kan men dan eenvoudig de bunker vullen.

Bij het stoken op houtpellets worden de pellets doorgaans met een bulkwagen in een silo of opslagruimte geblazen. Vanaf de doseervijzels of een zuigsysteem worden de pellets vanaf de opslagruimte naar de ketel getransporteerd. Er zijn verschillende mogelijkheden: